Trạm QLBVR Cắm Muộn, trực thuộc Hạt Kiểm lâm Pù Huống, có nhiệm vụ QLBVR vùng lõi Khu BTTN Pù Huống với diện tích 4.396,57 ha, thuộc xã Quang Phong, huyện Quế Phong Để thực hiện tốt nhiệm vụ, ngoài lực lượng nòng cốt của trạm, cần có sự phối hợp đồng bộ từ các ban, ngành trên địa bàn, cùng sự đồng thuận của người dân và chỉ đạo từ cấp ủy, chính quyền địa phương.
Trạm QLBVR Châu Hồng trực thuộc BQL Khu BTTN Pù Huống. Chức năng nhiệm vụ của trạm là quản lý, bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học, thực hiện chủ trương chính sách Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực Lâm nghiệp.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Bình Chuẩn trực thuộc hạt Kiểm lâm BQL khu BTTN Pù Huống. Trạm đóng tại bản Mét, xã Bình Chuẩn, huyện Con Cuông. Với nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng và bảo tồn đa dạng sinh học, thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng và các hoạt động liên quan theo quy định của pháp luật tại địa bàn xã Bình Chuẩn.
Phòng Khoa học - Kỹ thuật và Hợp tác quốc tế Khu bảo tồn thiên nhiên (BTTN) Pù Huống được thành lập theo Điều 4 tại Quyết định 4042/QĐ-UBND ngày 12/11/2020 của Uỷ ban nhân dân tỉnh Nghệ An: “V/v Quy định cơ cấu tổ chức và biên chế của Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Pù Huống, tỉnh Nghệ An”. Là phòng nghiệp vụ trực thuộc Ban Quản lý Khu BTTN Pù Huống và chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Ban Giám Đốc.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Nam Sơn trực thuộc BQL Khu BTTN Pù Huống. Trạm có nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học; thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng và các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật tại xã Nam Sơn huyện Quỳ Hợp.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Châu Hồng (tiền thân là Trạm QLBVR phòng hộ Châu Hồng thuộc BQL rừng phòng hộ Quỳ Hợp) trực thuộc BQL Khu BTTN Pù Huống, với nhiệm vụ thực hiện chủ trương chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học và các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật.
Phòng Kế hoạch – Tài chính trực thuộc Ban quản lý Khu BTTN Pù Huống có chức năng tham mưu cho Giám đốc BQL Khu BTTN Pù Huống trong công tác xây dựng báo cáo, kế hoạch hoạt động của đơn vị và thanh, quyết toán, kiểm tra, tổng hợp hồ sơ chứng từ tài chính của đơn vị theo quy định hiện hành.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Diên Lãm trực thuộc Hạt Kiểm lâm Pù Huống, BQL Khu BTTN Pù Huống.Trạm có nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học; thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng và các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật tại 02 xã Diên Lãm và Châu Hoàn huyện Quỳ Châu.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Nga My trực thuộc Hạt Kiểm lâm Pù Huống, BQL Khu BTTN Pù Huống.Trạm có nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học; thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng và các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật tại 02 xã Nga My và Xiêng My huyện Tương Dương.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Châu Lý trực thuộc BQL Khu BTTN Pù Huống. Trạm có nhiệm vụ, thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học, các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật.
Trạm quản lý bảo vệ rừng Cắm Muộn trực thuộc Hạt Kiểm lâm Pù Huống, BQL Khu BTTN Pù Huống. Trạm có nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học; thực hiện chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng và các hoạt động liên quan khác theo quy định của pháp luật.